Handelen var ikke enkel for kjøpmenn i Bergen. De ble rammet av perioder med sviktende fiske og varierende priser. Politisk uro på kontinentet førte til kapervirksomhet med tap av skip og varer. På 1650-tallet var Danmark i krig med Sverige. Det skapte stor risiko, begrensninger for Østersjø-handelen og problemer for kornimporten.

Omkring 1660 drev bergensborgerne omfattende utenrikshandel på egne skip. På 1660-tallet var tørrfiskprisene synkende, kombinert med flere svartår i fisket i nord.

Perioden 1643-1670 var en nedgangstid i Bergens skipsfart. Den tidligere ordningen med defensjonskip hadde mistet sin økonomiske betydning. Byen var nesten uten væpnede skip.

I Westphalen 1648 ble skapt fred i Europa. Det ga Nederland nye muligheter for sin handel og seilas, ikke minst på Spania. Konkurransen ble hardere. Den bergenske skipsfarten ble sterkt redusert på 1650-tallet, tross økende folketall i Bergen. Etter slaget på Vågen 1665 ble Danmark-Norge tvunget inn i krigen mellom England og Nederland på nederlandsk side. Krigen varte bare til 1667, men forholdet til England ble ikke bedre før i 1670.

1670 ble det gitt privilegier for defensjonskip med redusert toll på salt mm. Fra dette året ble tidene bedre. Tollreduksjonene åpner for ny bergensk fart på Spania. I løpet av de neste 6 årene vokste antall Bergensskip med ca. 50%. Krig mellom Frankrike og Nederland skapte problem for nederlandske skip, og muligheter for nøytrale skip fra Bergen..

Begynnelsen av 1690-tallet var en klar stagnasjonsperiode i skipsfart og handel. Byen var rammet av tilbakegang. Likevel ble 1690-tallet et godt tiår for bergenskjøpmennene. Storkriger og mangel på skip i Europa ga muligheter for ekspansjon i nøytrale land.. Flåten i Bergen vokste.