Et stort problem for byens borgerskap var at hanseatene dominerte skipsfarten. Skip var nødvendige for å vinne frem i handelen med Europa. Men det krevde kapital, såvel som kunnskap om markedene på kontinentet. Her var hanseatene overlegne. De dominerte både handel og skipsfart. På 1500-tallet øket bergensborgernes egen skipsfart, men fremdeles var den av begrenset omfang på første del av 1600-tallet.

Det var uvanlig å eie et skip alene. Det medførte stor risiko for ruin dersom skipet forliste eller ble kapret. Den vanlige eierformen var å eie en andel i et eller flere skip, slik at risikoen ble fordelt.

Samtidig var konkurransen med utenlandske skip hard, ikke minst med nederlandske skip. Innføring av redusert toll for væpnede handelskip, defensjonskip, som kunne leies av kongen i krigstider, bidro til å gi bergenskjøpmennene bedre konkurransevilkår. Men ordningen ga også høy risiko i krisetider.