Kjøpstedenes styre ble bestemt av Kongeloven av 14. desember 1665.  Den gjorde magistratens medlemmer borgermester og rådmenn til kongelige embetsmenn.  Magistraten hadde det lokale styret av byen.  I 1666 bestemte kongen at magistraten skulle bestå av en president, to borgermestre og 6 rådmenn, i 1685 redusert til 4 rådmenn (frem til 1828).  Magistraten administrerte byen som kommune, fungerte som domstol i  rådstueretten, sto for byens forsvar gjennom borgervæpningen og ved å forsvare dens rettigheter gjennom domstolene, utstedte borgerbrev som ga enkeltpersoner rett til å ta del i byens privilegier som kjøpmenn, håndverksmestre og skippere, og krevde inn statens skatter.  Magistratspresidenten var oftest en erfaren, tidligere sentral embetsmann, mens rådmennene oftest var fremstående borgere i byen.

Avgjørelser av rådsturetten kunne ankes til høyere domstoler, først til byfogden som også hadde ansvaret for rådstuearresten.

Magistraten var under tilsyn fra stiftamtmannen, som var kongemaktens øverste sivile, verdslige myndighet for Hordaland og Sogn og Fjordane.  Sammen med den øverste geistlige myndigheten, biskopen, utgjorde de stiftsdireksjonen.  Kommandanten på Bergenhus var områdets øverste militære myndighet.  Over disse regionale myndighetene sto statholderen, som holdt til på Akershus.  Over ham sto kongen med sine «departementer», Rentekammeret («finansdepartementet»), det danske kanselli og det tyske kanselli.  Saksområde for det tyske kanselli var hertugdømmene i Sleswig-Holstein og utenrikspolitikken.

Fra 1660 var innført enevelde i Danmark-Norge.  Det betød at all makt og alle rettigheter i prinsippet skulle være utledet fra kongen.  Byen fikk sine privilegier (rettigheter) i et privilegiebrev fra kongen, og kunne derved gi rettigheter videre til personer gjennom borgerskap, som ble tildelt ved en seremoni hvor den nye borgeren fikk et borgerbrev.  Det ga ham rett til å delta i byens rettigheter som kjøpmann, håndverksmester eller skipper.  Innbyggere i Bergen som ikke hadde borgerbrev hadde heller ikke tillatelse til å ta del i disse rettighetene.

Eneveldet hadde et strengt system med overordning/underordning.  Det var forutsatt at enhver myndighet forholdt seg til sin overordnete myndighet.  Lydighet mot sin overordnete var en grunnleggende plikt.  Å forbigå denne i en sak var ansett som uhørt.  Likevel ser vi at dette skjedde i mange saker når der var uenighet eller konflikt, eller når de ulike organenes kompetanse var uklar.  Når slike forhold ble kombinert med en periode hvor folk kanskje var mer stridbare, og i tillegg voktet sterkt på sin ære og på sine private økonomiske interesser, lå forholdene godt tilrette for mye strid.  Bare forskjellen i tiltalefom hvor stiftamtmannen av magistratspresidenten, som han anså av lavere rang, ble kalt «høyædle og velbyrdige» i stedet for «høyædle og velbaarne» og kalte seg selv «tjenstferdige tjener» i stedet for «tjenstskyldige tjener» var nok til å utløse strid og skriftlige klager til statholderen.

I eneveldet hadde befolkningen i utgangspunktet ingen rettigheter som ikke kom fra kongen.  Den enkelte allmueperson eller borger kunne henvende seg til kongen i et bønneskriv.  Men dersom en gruppe personer slo seg sammen om et skriv til kongen ble det ansett som et forsøk på oppvigleri:  Risikoen for et samarbeid mellom personer kunne skape opptøyer og true samfunnets orden og kongens makt.  Slike forsøk kunne lett føre til reprimander, tap av rettigheter eller straff.

Konsekvensen var at enkeltpersoner i skriv til kongen kunne forsøke å ivareta eller fremme sine interesser.  Men interessegrupper hadde få muligheter.  Borgerskapet i Bergen ønsket derfor et organ for å fremme sine interesser.  På Bergen rådstue fikk de 14. august 1679 utpekt 16 menn (de eligerede menn, d.v.s. De utvalgte menn, eller 16-manns utvalget).  Utvalget de eligerte menn ble godkjent av kongen 31. juli 1680.  De lyktes altså, med magistratens hjelp, med å få opprettet et borgerutvalg nedenfra, uten kongens initiativ.  Utvalget skulle iaktta alt, som på byens og borgerskapets vegne kan forefalle om å utrede, søke om eller opplyse om.  De skulle konferere med magistraten og i felleskap finne ut hva som gavnet byen.  I 1682 presiseres at de skal fremme byens og borgerskapets interesser for magistraten, uten å bidra til samlinger eller skriv som ikke var godkjent av magistraten og de 16 menn i fellesskap.  Ved byens nye privilegier 29. april 1702 ble medlemmene i 16-manns utvalget også fritatt for andre verv i byens styre, og de fikk bekreftet sin rett til selv å utpeke nye medlemmer til utvalget.

Magistraten mente at de hadde begrensete valgmuligheter når de skulle fylle byens mange verv.  De forutsatte at kandidatene skulle være godt skikket, som person, både kunnskapsmessig og i karakter, i tillegg til at de skulle ha en økonomisk styrke.  Når mange av de beste menn tjente i 16-mannsutvalget var de fritatt for andre verv.  I tillegg kunne andre fremstående borgere kjøpe seg fri ved å skaffe seg «stand og karakter» eller frihetsbrev fra kongen.  Når vi vet at byens verv både kunne være arbeidskrevende og utsette innehaveren for et økonomisk ansvar er det kanskje ikke underlig at mange forsøkte å unngå slike verv.

Deres hovedoppgave ble etter hvert å viderebringe klager og fremme ønsker overfor magistraten.  Samtidig brukte magistraten utvalget til å undersøke hva som var borgerskapets holdninger i ulike spørsmål.  I tillegg  uttalte de seg om takseringen av borgerne for de ulike skattene.  De eligerte menn ble derved en rådgivende instans i byens styre.  I tillegg oppnevnte de menn til å ha tilsyn med kemnerne, godkjenne regninger og sammen med magistraten revidere byens regnskaper.  De hadde også adgang til å være representert sammen med magistratens medlemmer i ulike kommunale kommisjoner, f.eks. kommisjonene for politi, fattig-, havne- og bygningsvesen.

Stadshauptmannen var leder av borgervæpningen.  Han fungerte også som formann for de eligerte menn.  Ved valg av stadshauptmann skulle de eligerte foreslå tre navn som magistraten skulle velge blant.  Deretter skulle valget sendes til kongen for hans bekreftelse av valget.

I praksis var vervet som eligert mann lite ettertraktet på 1700-tallet.  Selv om de var fritatt for andre kommunale verv, ble det etterhvert vanskelig å skaffe medlemmer til utvalget.  Aktivitetene kunne fort kollidere med medlemmenes behov for å drive sitt kjøpmannskap. Samtidig hadde utvalget begrenset innflytelse.  Magistraten mottok deres henvendelser og råd, men var i stor grad ikke engang villig til å fortelle dem om deres råd var tatt hensyn til ved magistratens videre henvendelse til høyere myndigheter.  Det synes som om det må ha vært stor frustrasjon i borgerskapet over manglende innflytelse.  Samtidig var der kompetansestrid mellom magistrat og de eligerte menn..  Men i løpet av 1700-tallet øket de eligerte menn sin innflytelse gradvis, frem til de i 1837 ble avløst av et valgt demokratisk element i formannskap og bystyre.

De eligerte menn var i det vesentlige utvalgt blant de mest fremstående i byens handelsborgerskap.  Unntaksvis kunne også en fremstående håndverksmester bli valgt.  De var oftest motstandere av forbedringer som skapte økte utgifter og derved økte skatter.  De utvalgte mennnene hadde gjennom praksis utviklet seg til stor grad av dyktighet i sin næring og handel.  Men de fleste av dem hadde begrensninger i sine evner til å formulere skriftlig de saker de ønsket å fremme.  Det var derfor vanlig at de eligerte menn benyttet prokuratorer til å skrifliggjøre sine saker.  De eligerte menn ga stadig uttrykk for at vervet var en stor belastning for deres kjøpmannskap.  I de vanskelige økonomiske tidene hadde de behov for å konsentrere seg om sin næring, og arbeid og møter i vervet var en hindring.  I tillegg medførte det utgifter som de ikke fikk refundert, bl.a. utgifter til en sekretær.  Trolig førte dette til at de i perioden 1733-1739 var uten fast sekretær.  I alle fall mangler både kopibok og forhandlingsprotokoll for disse årene, selv om vi vet at Joachim Friele i 1733-1735 utførte mye skrivearbeid for utvalget, i tillegg til at han holdt møterom for dem i sitt hus.  Før Friele holdt utvalget sine møter i noen år hos Lorentz Schnitler, etter Friele var de noe år i Kontorets lokaler på Bryggen, før rådhuset i 1738 var ferdig satt i stand slik at de kunne holde sine møter der.

Knud Geelmuyden hadde neppe god orden i utvalgets arkiv.  En senere stadshauptmann Berent Freuchen mottar et brev fra magistraten, som fra ham har fått høre om uorden i utvalgets arkiv.  All inn- og utgående korrespondanse 1677-1712 manglet, i likhet med alt for årene 1733-1739.

Blant de positive opplevelsene som eligerte menn var trolig kongeparets besøk i 1733.  De eligerte menn gjorde da honnør for kongen og ved festmiddagen hjalp de til med å bære frem maten.  I eneveldets tid var dette en stor ære, og en mulighet til å komme nær rikets fremste person.

Fra starten av 1700-tallet er synlig en motsetning mellom borgerskapet, ved de eligerte menn, og magistraten.  Borgerskapet forsøkte å gjøre seg gjeldende i byens styre, noen ganger ved klar opposisjon mot magistratens tiltak.  Magistraten protesterte når de eligerte menn initierte eller mottok felles skriv fra borgerne, og når de forbigikk magistraten ved å sende skriv direkte til stiftamtmannen eller statholderen. Magistraten mente at de eligerte menn skulle ivareta borgerskapets interesser uten at det skjedde i samordning med eller etter felles initiativ fra borgerskapet, og uten at magistraten ble forbigått.  Utvalget fikk en tendens til å forsøke dette, fordi magistraten ikke meldte tilbake om de tok hensyn til utvalgets innspill.  Delvis skjedde det også i saker hvor utvalget visste at magistraten var uenig i utvalgets og borgerskapets synspunkter.  Utvalget var i perioder også frustrert fordi magistratens medlemmer, som oftest også drev egen virksomhet i byen, gjerne beskyttet sine private og økonomiske interesser på det øvrige handelsborgerskaps bekostning.

I lange perioder var det vanskelige å få de eligerte mennene til å stille fulltallige på møtene de var innkalte til.  De brukte også dette som en uthalingstaktikk overfor forslag de var imot.  F.eks. var de nesten alltid imot saker som førte til økte skatter og utgifter for byen.  De kunne la sakene ligge ubehandlet i halvår eller år for å unngå at overordnet instans gjorde vedtak i saker de så som negative.  På møter med magistraten kunne de nekte å uttale seg i saker, inntil de hadde fått konferert med de øvrige eligerte menn, som ikke var tilstede.  Uthalingstaktikken var effektiv.

I perioder var der også konflikt mellom magistraten og stiftamtmannen.  Enkelte stiftamtmenn fikk et samarbeid direkte med de eligerte menn, på tvers av og til stor misnøye hos magistraten.