Biskopene ble etter reformasjonen kalt superintendenter.  De arbeidet i en vanskelig tid, hvor reformasjonens påtvungne endringer delvis var sterkt omstridt.  De nye religiøse endringene skapte problemer.  I tillegg ble den danske kirkeloven (kirkeordinansen) gjort gjeldende for Norge, uten at den ble tilpasset norske forhold.  Jens etterfulgte den første superintendenten Geble Pedersen som var norsk.  Men etter reformasjonen forsøkte kongemakten i flere hundre år å få bedre kontroll med Norge ved å ansette danske adelsmenn eller deres tjenere som embetsmenn i Norge.  Det var særlig menn fra kongens nærmiljø som fikk embeter i Norge.  Jens Pedersen Schjelderup var en representant for denne utviklingen.  For kirkelige embetsmenn i den tidlige perioden var det også viktig at danske akademikere var bedre opplært i den lutherske lære.  Det var viktig for kongemakten at de kirkelige embetsmennene var både kongetro og reelt lutherske, slik at de kunne støtte godt opp om kongemakten.

Et underlig element i utnevnelsen av Jens til biskop (superintendent) var at han var utdannet i medisin og ikke i teologi.

Da Jens i 1557 kom til Bergen var Erik Rosenkrantz lensherre der.  Rosenkrantz var dansk, men hadde store norske jordegods etter sin norske farmor som tilhørte Losna-slekten.  Rosenkrantz trivdes ikke i Norge, men satt som lensherre med stor makt over hele Vestlandet, MidtNorge og NordNorge.  Lensherren hadde tradisjonelt vært enerådende som maktperson i sitt distrikt og krevde ydmykhet fra andre.  Jens irriterte Rosenkrantz ved å klage over bispegården, som han mente ikke var god nok.  Senere tok lensherren visse inntekter fra Jens.   Rosenkrantz ble i 1568 avløst som lensherre av dansken Mads Skeel.

August 1559 assisterte ved Fredrik IIs kroning i København

James Hepburn, jarl av Bothwell, (ca. 1536-1578) som var mistenkt for mordet på Maria Stuarts mann Henry Stuart (lord Darnley) i februar 1567, ble gift med Maria Stuart i mai samme år.  Det skapte motstand i Skotland, og allerede i juli ble hun tvunget til å abdisere til fordel for sønnen.  James Hepburn forsøkte å flykte til Danmark i to pinker, men manglet pass til identifikasjon.  Da en storm førte dem inn til norskekysten ble de oppbrakt i Karmøysundet av orlogskipet Bjørnen og brakt til Bergen.  Der ble det opprettet en kommisjon med 24 medlemmer, inkludert biskop Jens Schjelderup og lagmann Mattis Størssøn, for å finne ut hvem han var.  I mellomtiden ble han behandlet med alle æresbevisninger, bodde på slottet og fikk 28. september et gjestebud til sin ære.  Etter at identiteten var fastslått ble det også kjent at han var mistenkt for mordet på lord Darnley.  Da Anna Trondsdtr Rustung hørte at han var i Bergen kom hun dit for å kreve erstatning for at hun i København omkring 1560 hadde latt seg bortføre av ham mot ekteskapsløfte.  Jarlen ble brakt til København og deretter til Dragsholm slott, hvor han ble sinnsyk og døde 1578.

19.04.1565 reiste til København for å hente arven etter faren.

Et utrykt diplom i Riksarkivet gjelder et vitneprov om forlik mellom Erik Rosenkrantz og Jens Schjelderup (som biskop) 18. mars 1565.  Striden gjaldt eiendommen Gåsegrunnen.  Rosenkrantz gjorde krav på tre gamle steinkjellere i brannstrøket etter 1561-brannen.  Ved forliket ble eiendommen og dens steinkjeller delt slik at Rosenkrantz fikk halve kjelleren og resten av gården ut i Vågen.

19. november 1567 bygslet domkapitlet til biskop Jens Schjelderup «ein aff wores capitels grunder, liggendis paa stranden strax neden for Schelteus huus, som effter gammel breue oc register kallis Gasse grund (Gåsegrunnen), streckendis sig wdj lengden fra ouerste hiørnet paa thett nederste yldhuus, huilcken er bygt paa den grund som steenkelleren paastod der bleff affbrott, wppe oc nede fiorten alne. Årlig grunnleie var 6 1/2 bergegyllen. (Diplomatarium Norvegicum IX 796, 19.11.1567).   I et brev 15. januar 1583 (oppbevares på universitetsbiblioteket i Bergen) fraskriver hans enke Susanne Leonhardsdtr. seg alle rettigheter til denne eiendommen.  Eiendommen var 81 alen lang ned til sjøen, 14 alen bred, og ble i 1783 overtatt av Dominicus Friis, som hadde et ildhus som lå inntil tomten.  Den omtalte eiendommen var den nordlige naboen til hospitalets grunner, kalt Seljahusene.  Seljahusenes plassering tilsvarer antakelig Småstrandgaten 6.  (Bernt Lorentzen: Gård og grunn i Bergen, s. 219-220.)

Grunnbrevet 1567 for Gassegrunn omtales også av Geir Atle Ersland (Kven eidgde byen?  Bygrunnlegging, grunneige og grunnleige i Bergen …  Utgitt 2011, s. 108-109):  Grunneier var domkapitlet i Bergen, eiendommen lå på Stranden.  Ved brann kunne et leieforhold automatisk falle bort.  Men dokumentet sa at leier ved en eventuell brann skulle ha førsteretten til ny leiekontrakt, da med tre års leiefrihet for å kunne få nye hus oppført på eiendommen:

Hende thett oc saa, thett Gud forbiude, adt the huss som paa for.ne Grund ere wpbygde, aff wade ild, heller anden saadan thilfallendis skade, wpgin(g)e oc forbrende oc for.ne gode herre eller hans aruinge, wilde samme grund fremdelis beholde, thaa skulle the der aff ingen grundeleie giffue wdj tre aar indtil ad grunden bliuer bebygd wdi gen, oc siden giffue wdj ther aff then wonlige for.ne grundeleige thil gode rede.

Jens hadde mye strid i Bergen og fikk mange klager mot seg.  Den største striden gjaldt utsmykningen i kirkene, med bilder, helgenfigurer og folks votivgaver hvor de ba helgenene om hjelp.  Jens lot bildene være i fred frem til 1570.  Men da en delegasjon av danske riksråder besøkte Bergen i 1668 fikk han kritikk for helgenbildene i kirkene.  På et møte for bispedømmets prester i 1569 krevde han fjerning av all slik utsmykning, unntatt altertavlene.  Det ble hevdet at bildene ble tilbedt, og slik avgudsdyrking måtte unngås.

I romjulen 1570 fikk Jens fjernet noen store bilder fra Bergen domkirke.  Han krevde videre at byrådet skulle fjerne flere av bildene.  Dette førte til konflikt mellom biskopen og borgerne.  Men Jens vant frem i saken.  I bispedømmet ellers gjorde mange av prestene passiv motstand.  Også bøndene var motstandere av fjerning av bildene.  Formuleringer i Absalon Pedersen Beyers dagbok viser at prester som utad viste respekt for biskopens og kongens politikk, dels kunne være svært uenig i denne.

Reformasjonen førte til at store kirkelige ressurser ble overført til kongemakten.  Det ga problemer med vedlikehold av kirkene og andre kirkelige bygninger.  Bygninger forfalt og ble revet.

Han omtales som en hissig mann.  Han omtales som den første lege i Norge, men kom hit som biskop.

Publikasjoner:
Medica Themata cet. (Hafn. 1554)
Propositiones variae d. præs i bordingii  (Rost. 1556)
Undervisning av den hellige skrift om hvad en christen skal holde om afgudiske billeder  (København 1572)
Jens Skielderup, superintendent over Bergen stift:  En Christelig Undervisning aff den hellige Scrifft om hvad en Christen skal holde om Affgudiske Billeder og Stykker udi Kirckerne.  Kbhv. 1572.  (SAB 246.   S133).

Se:
Kjøbenhavn universitets historie bd. 1 s. 29-37, 49, 61, 99, 170, 271, 314, 615. bd. II s. 562, 755.  bd. III s. 42, 585, 736.
Kirkehistorisk samling, 3. rekke  III s. 314, 458
M. Petersen literaturhist. 2,41, 3,57,96
Norsk historisk tidsskrift II s. 266, 2. r. V s. 166, 83
Nyerups literaturlexicon
Pontoppidans annaler III s. 205 ff.
Hatting s. 71
Hundrup;  biogr. eft. om doctores ved Kjøbenhavns universitet s. 136.
Johnson og Caspari;  Theol. tidsskrift VII s. 118 V.
Ingerslev:  Danmarks læger og lægevesen  I s. 106, og s. 110
Suhms samlinger  II, 2 h. p. 98.
Bugge:  Våre forfedre Norske magasin  1 s. 212
Finne-Grønn:  Den vestlandske slegt Sundt  s. 11
Lampe-Thrap:  Bergen stifts geistlighet s. 4f
Dansk biografisk lexicon (1. utg.) s. 16 I.
Mehus:  Bowitz-ætten, mennesker og miljø  s. 106-107.

Om superintendentene i Norge på 15-1600-tallet se Steinar Imsen:  Superintendenten (utgitt 1982).